虚拟DOM（VDOM）和直接操作DOM各有优缺点，适用场景也有所不同。下面是对两者优劣的比较：

虚拟DOM的优点：

1. 性能优化：尽管初次渲染时VDOM可能存在额外计算开销，但在多次更新时，VDOM通过diff算法比较新旧虚拟DOM树的差异，仅将实际发生变化的部分同步到真实DOM，避免了不必要的DOM操作，从而提高性能。
2. 易于维护：虚拟DOM提供了一个声明式的编程模型，开发者只需要关注数据的变化，而无需关心DOM的直接操作，使得代码更易于理解和维护。
3. 跨平台：虚拟DOM可以方便地与其他渲染目标对接，如React Native能够使用相同的思想跨平台渲染原生移动应用组件。

直接操作DOM的优点：

1. 直接操作DOM在特定情况下可以直接控制细节，对于性能要求极高且已知确切需要改变哪些DOM节点的应用，有可能实现更精细化的性能优化。
2. 在某些简单的场景下，如果仅进行少量的DOM操作，直接操作可能更快捷，因为省去了虚拟DOM的中间层。

直接操作DOM的缺点：

1. 效率低：频繁的DOM操作会引起浏览器的重绘和回流，严重影响页面性能。
2. 维护困难：直接操作DOM可能导致代码紧耦合，当UI结构发生变化时，需要修改多处逻辑代码。
3. 不利于组件化和复用：直接操作DOM不利于模块化和组件化的设计思想。

综上所述，在现代Web应用开发中，虚拟DOM由于其更好的性能优化策略和更高的代码可维护性，通常被视为一种更好的实践。然而，在特定场景下，如果对性能有极致追求且能精确预判DOM操作范围时，直接操作DOM也可能是合理的选项。不过，在大多数实际开发中，虚拟DOM技术（如Vue、React等框架所使用的）因其便利性和整体性能表现更受青睐。